Z ogrzewaniem podłogowym wiąże się też następny dylemat, czy można go stosować wtedy, gdy mamy podłogi drewniane. Jest na ten temat wiele różnych opinii. Jednak warto odnotować, że u naszych sąsiadów za Odrą ten temat od lat nie budzi wątpliwości. No cóż, oni te dyskusje mają za sob^, bo zaczęli je wcześniej niż my. Rzecz przedstawia się następująco. Jest faktem bezspornym, że drewno przewodzi ciepło znacznie gorzej niż ceramika, ale to przecież nie oznacza, że energia grzewcza jest tracona. Tak nie jest. Wszystko co zostanie „wyprodukowane” w kotłowni pozostaje w budynku. Różnica ogrzewania podłogi drewnianej w stosunku do ceramicznej polega na tym, że w przypadku tej drugiej, ciepło w pomieszczeniu pojawi się nieco wcześniej. To mogłoby mieć znaczenie w pierwszych godzinach sezonu grzewczego, ale potem aż do wiosny już absolutnie nie.
Są jednak inne czynniki, które muszą być wzięte pod uwagę, gdy ogrzewanie podłogowe stosowane jest przy podłodze drewnianej. Pierwszy czynnik to grubość podłogi. Jeśli przekracza ona 15 mm to można się spodziewać kłopotów, nie od strony przekazywania ciepła, tylko z powodów dużej różnicy temperatur między górną a dolną powierzchnią podłogi. Drewno tego „nie lubi” i w konsekwencji może dojść do naprężeń i zmiany geometrii (wypaczenia). Jeśli grubość podłogi nie przekracza 10 mm, to od tej strony można być całkowicie spokojnym, ale pod warunkiem, że podłoga zostanie fachowo wykonana i to jest ten drugi czynnik bodaj najważniejszy.
Fachowe ułożenie podłogi (parkietu) wymaga uprzedniego wygrzania jastrychu do odpowiedniej temperatury, uwzględnienia wilgoci zawartej w drewnie oraz w jastrychu i układania całości przy zadanej temperaturze podkładu. W sumie wymaga to dużego doświadczenia.